안녕하세요!

1) 음.. 지금 학생은 단어들의 뜻을 조금 혼란스러워하고 있는거 같아요.

우선 이런 용어들에 대해 우리가 잘 이해 했는지 확인해보고 갈께요.

단백질의 primary, secondary,... structure 이라는 것은 

단백질의 복잡한 구조를 4가지 카테고리로 나눠서

인간들이 생각하기 편하게 만든 "기준" 들이에요.

그러니까 언어에 비유를 하자면, 

우리가 어떤 영어 문장을 해석하려고 할때

우선 알파벳이 뭐가 쓰였고, 그 알파벳들이 어떻게 묶여서 단어를 만들고,

그 단어들끼리 서로에게 영향을 주면서 한 문장이 어떤 의미를 갖게 되는지 분석을 할 수 있잖아요?

단백질의 구조도 마찬가지로 

primary structure은 어떤 아미노산이 어떤 순서로 연결됐는지, (alphabet)

secondary structure는 이런 아미노산들이 모일때 어떤 패턴들이 나타나는지, (word)

tertiary structure는 멀리 떨어져있는 아미노산들이 어떻게 서로 영향을 주며 복잡한 3차원 구조를 갖게 되는지, (sentence)

quaternary structure는 이런 길쭉한 아미노산 덩어리들이 여러개 공존할때, 

자기들끼리 서로 어떤 영향을 끼치는지 말을 할때 사용하는 표현이에요. (paragraph)

여기까지 잘 이해가 됐으면

조금만 더 나아가서, peptide, polypeptide, protein이란 단어에 대해서도 조금 더 생각해볼께요.

peptide는 과거에 amino acid이라는 단어와 거의 비슷한 느낌이였고,

polypeptide는 말 그대로 "여러개의 peptide", 즉 amino acid가 2-50개 정도 쭉 연결된 실 같은 형태를 말하고

protein은 amino acid가 50개 이상 (단위가 천, 만 단위까지 갈때) 그 전체적인 형태를 말하고 있죠.

그럼, 다시 학생의 질문으로 돌아가서

secondary structure 이라는 것은 여러개의 아미노산이 연결되었을때 (polypeptide) 그 안에 자주 나타나는 패턴이 있는데

그 중에서 두가지, alpha helix, beta sheets를 일컫는 말이에요.

그렇기 때문에 polypeptides는 거의 대부분 이런 secondary structure를 가지고 있어요.

50개 정도 아미노산들이 모이면, 흔한 패턴들은 나타나기 마련이니까요.

primary structure는 단순히 어떤 아미노산이 어떤 순서로 오는지를 말하는거다보니

당연히 50개 정도 아미노산이 연결된 polypeptide는 primary structure를 가져야죠.

하다못해, 2개 아미노산만 연결된 아주 짧은 polypeptide 여도, 어쨌든 아미노산의 순서가 있으니

primary structure를 가진다 라고 말하는것도 맞는 말이죠.

2) hydrophobic side groups는 by definition, face outside를 하지를 않아요.

그 이유는 세포가 있는 환경을 생각해보면 알 수 있는데

세포 안 cytoplasm은 물이 가득하고, 세포 밖 extracellular environment도 물이 많겠죠?

이렇게 사방이 aqueous environment일때

hydrophobic한 segments는 어떻게서든 안전한 nonpolar region, 

즉, phosopholipid bilayer의 tail region에 들어갈려고 하겠죠.

그러다보니 very rarely would you find significant hydrophobic segments sticking outside the phospholipid membrane.

3) 보기에서 helix라는 것은 alpha helix, 즉 secondary structure를 말하고 있고,

secondary structure is formed with interactions between amine, carboxyl groups of the amino acids.

tertiary structure is formed via interactions between side (R) groups.

the term "nonpolar side chain" refers to R groups. 

these are associated to tertiary structures, not secondary structures.

자세히 설명하려다보니 엄청 길어졌네요 ㅠㅠ

그래도 중요한 부분이니까 천천히 소리내어서 꼼꼼하게 읽어보고,

그래도 모르겠으면 꼭 protein structure 설명하는 강의 다시 한번 복습하고,

그렇게 했는데도 여전히 모르겠으면 게시판에서 또 만나요!  :D