"Battery의 V에서 internal resistance의 V, 즉 IR을 빼준것 같은데 이건 공식인건가요?"

맞습니다. 정상적으로 동작하는 battery 의 terminal voltage 는 그 battery 의 emf 를 Vo 라고 했을 때, Vo - Ir 입니다. 즉, 원래는 emf 가 다 나와야 정상이지만, internal resistance r  때문에 Ir 만큼 drop 되어 나오는 것입니다. 

" (b)에서 R2를 구할때 왜 V를 6볼트를 썻는지 이해가 안됩니다."

병렬로 연결되어 있는 R1 과 R2 가 느끼는 voltage 는 (a) 에서 구한 terminal voltage 이기 때문입니다. 병렬로 연결되어 있으면 voltage 가 다 같습니다. 따라서 이 문제에서 voltmeter, R1, R2 에 걸리는 voltage 는 모두 9 - 1*3 = 6 volt 로서 같습니다.